レシートを本社と取引先に送って請求するには?

A社に電話して確認、ですね。
事実がはっきりした方が
モヤモヤはなくなります。

実際、経費を請求するのに
A社で原本が必要な場合もありますし。
(コピーでは二重に請求できてしまいます)

本社の保存資料なら感熱紙(レシートのつるつるした紙)
よりコピーの方がいいわけです。
感熱紙のレシートはインクの文字が消えてしまいます。

会社のシステムが良くない、と私は思いました。
ですので有りがちなミスです。
上司の信頼をなくすことにはなりません。

慌てない事ですかね。
責任感ゆえに、あなたが自分のキャパシティ以上の仕事量を
抱え込んでいる可能性もあります。